Спустя несколько лет после того, как Gman заморозит Фримена в конце первой Half-Life, люди построят город в измерении Ксен и захватят инопланетян, а сами будут жить в достатке, так как Альянсу, который захватил Землю до них не добраться. Но через некоторое время одному плененному вортигонту удастся освободить всех заключенных.
Пришельцы Ксена начинают терроризировать город, чтобы вернуть свой дом обратно. Через несколько недель спустя, когда город находится на грани хаоса Gman пробуждает свое секретное оружие — Гордона Фримена.